一是坚持“监督机构负总责，业务科室全参与”的协调机制。检查工作之初，由各业务科室、单位按照归口管理财政专项资金的项目、用途以及具体项目实施单位等内容，认真填写《财政专项资金统计表》。检查组根据《财政专项资金统计表》逐项逐笔对照检查。业务科室、单位人员全程参与，随时掌握检查进度、了解财政专项资金管理中存在的问题，遇到个别单位不配合的情况，各业务科室、单位及时进行沟通协调，促进检查工作顺利开展。

二是坚持“谁行文、谁管理、谁负责”的原则。对检查中发现的违规问题，按照“谁行文、谁管理、谁负责”原则，由监督办将检查发现的问题以科室为单位进行整理分类，然后分别转交给各业务科室、单位，由业务科室、单位负责督促整改。监督办定时对整改情况进行调度，确保整改工作推进得又好又快。

三是加强制度建设，进一步巩固财政专项资金检查成果。按照《关于加强财政监督工作的意见》，巩固健全事前审核、事中管控、事后检查的全过程监督制约体系，对财政专项资金的监督实行跟踪问效负责制，由专项资金行文科室单位加强事前、事中、事后的监管，强化业务科室对财政专项资金监管的主体责任。